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http://dspace.ufdpar.edu.br/jspui/handle/prefix/27| Tipo: | Trabalho de Conclusão de Curso |
| Título: | Construção e Validação In Silico de Iniciadores para Detecção Molecular dos Arbovírus Chikungunya Virus (chikv) e West Nile Virus (wnv) em Contexto de Pandemia do Sars-cov-2 |
| Autor(es): | Araújo, Paloma Maria de Sousa |
| Primeiro Orientador: | Ferreira, Gustavo Portela |
| Resumo: | Os arbovírus são um grupo de vírus transmitidos por vetores artrópodes hematófagos, pertencentes às famílias Togaviridae, Flaviviridae, Bunyaviridae, Rhabdoviridae e Reoviridae. No Brasil, o Chikungunya virus (CHIKV), tornou-se uma grande ameaça à saúde pública a partir do surto no biênio 2015-2016. A gravidade da infecção está associada à cronificação de artralgia debilitante presente entre 40-80% dos infectados. O West Nile virus (WNV), é responsável por mais de dezenas de milhares de casos notificados nas Américas, sendo 24.000 destes neuro-invasivos e mais de 2.300 óbitos. A circulação no Brasil foi detectada em áreas florestais e rurais, e em 2014 foi confirmado o primeiro paciente infectado por WNV no Piauí, com quadro clínico de encefalite aguda. Para se fazer a diferenciação laboratorial dos arbovírus, diversos métodos podem ser utilizados, como os sorológicos e moleculares. O diagnóstico molecular apresenta um resultado mais sensível e específico, e para esse grupo de doenças a técnica mais utilizada é a RT-PCR qualitativa e suas variantes, como o a RT-PCR quantitativa. O que garante a diferenciação entre as diferentes aplicações é a utilização de uma sequência alvo específica e os iniciadores. Para a obtenção de um resultado fidedigno, a construção dos iniciadores deve obedecer a algumas características. A partir do desenho e validação in silico, é possível utilizar iniciadores que fornecem maior especificidade e sensibilidade na amplificação do material genético dos arbovírus estudados. Os parâmetros para a construção dos iniciadores dos vírus estudados foram previamente estabelecidos, como tamanho dos iniciadores e do fragmento amplificado, temperatura de anelamento e conteúdo GC%, de acordo com os critérios definidos de cada técnica. O Geneious Prime® é uma ferramenta alternativa de fácil uso que realiza alinhamento de sequência, construção de iniciadores e análise de suas características. Este software indica os iniciadores, suas características básicas e possível formação de estruturas secundárias, sendo que essa análise consta como a primeira etapa para sua validação.Ao final da checagem, os iniciadores que atenderam aos parâmetros são submetidos à ferramenta UCSC In-Silico PCR, para pesquisa em banco de dados de sequências de outros organismos, a fim de avaliar possíveis anelamento com organismos que não são de interesse e que podem ser amplificados como contaminantes durante as técnicas moleculares. Em conjunto, a busca na literatura com o intuito de verificar o padrão de publicações realizadas acerca dos arbovírus em estudos in vitro e in silico, delimitada entre os anos de 2019, anterior a pandemia de SARS-CoV-2, até março de 2022. Considerando que os iniciadores construídos a partir das regiões nsP2 e nsP1 para CHIKV e regiões E e 3’UTR para WNV atenderam as características básicas e ideais de funcionamento adequado para as técnicas de RT-PCR e RT-qPCR, podemos sugerir a utilização na experimentação das técnicas moleculares. Em relação à produção científica, foi percebida discrepância entre os bancos de dados. Enquanto no ScienceDirect houve grande aumento nos estudos produzidos ao longo dos anos, de forma não homogênea (desvio padrão 18,5-85),no PubMed, a amostragem foi mais homogênea (desvio padrão 1,1-9,1), porém, com quantidade inferior de estudos. |
| Abstract: | NC |
| Palavras-chave: | arboviroses vírus Chikungunya Vírus do Oeste do Nilo in silico diagnóstico molecular |
| CNPq: | CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE |
| Idioma: | por |
| País: | Brasil |
| Instituição: | Universidade Federal do Delta do Parnaíba |
| Sigla da Instituição: | UFDPar |
| Instituto: | Departamento 1 |
| Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
| URI: | http://dspace.ufdpar.edu.br:8080/jspui/handle/prefix/27 |
| Data do documento: | 1-Dez-2022 |
| Aparece nas coleções: | Bacharelado em Ciências Biomédicas |
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